常設展
2階常設展室は「歴史文化展示ゾーン」と「長崎奉行所ゾーン」があり、当館が収蔵する近世長崎の海外交流史と長崎奉行所に関する資料を展示しています。
「近世長崎の海外交流史」をテーマに、16世紀の南蛮船来航から、朝鮮、中国、オランダとの交流、長崎貿易、幕末～明治までの長崎の歴史と文化を、往時を彷彿させる実物資料とともに様々な角度から紹介しています。また、江戸時代の貿易品を実際に触ったり、眼鏡橋を積み木で組み立てたりするなどの参加体験型展示を通じて、楽しく歴史を学べます。
当館の敷地内にはかつて「長崎奉行所立山役所」があり、江戸時代の絵図面や発掘された遺構などをもとに、当時あった場所に一部を復元整備しました。
展示室では、江戸幕府が置いた西国の拠点長崎奉行所の役割や機能、奉行所をめぐる歴史的な事件、キリシタン関係資料などを展示しています。
